Κατά την ενεργοποίηση του μηχανισμού «μάχης ή φυγής», ο υποθάλαμος στέλνει σήμα στα επινεφρίδια για την έκκριση αδρεναλίνης και κορτιζόλης. Αυτές οι ορμόνες αυξάνουν τον καρδιακό ρυθμό, επιταχύνουν την αναπνοή και στέλνουν περισσότερο αίμα στους μύες, προετοιμάζοντας το σώμα είτε να πολεμήσει είτε να αποδράσει. Επίσης, η πέψη και άλλες μη κρίσιμες λειτουργίες αναστέλλονται προσωρινά, ώστε να εξοικονομηθεί ενέργεια για την άμεση απόκριση στον κίνδυνο.
Η αντίδραση αυτή είναι χρήσιμη σε σύντομες, επικίνδυνες καταστάσεις, αλλά όταν το σώμα παραμένει σε κατάσταση εγρήγορσης για μεγάλα χρονικά διαστήματα, λόγω συνεχούς άγχους ή ψυχολογικού τραύματος, μπορεί να οδηγήσει σε σοβαρά προβλήματα υγείας. Η χρόνια υπερπαραγωγή κορτιζόλης και αδρεναλίνης μπορεί να επιβαρύνει το καρδιαγγειακό σύστημα, να καταστείλει το ανοσοποιητικό σύστημα και να προκαλέσει διαταραχές στον ύπνο και την πέψη.
Επιπλέον, η παρατεταμένη ενεργοποίηση του μηχανισμού «μάχης ή φυγής» συνδέεται με ψυχολογικές καταστάσεις όπως το άγχος, η κατάθλιψη και το μετατραυματικό στρες (PTSD). Για την αντιμετώπιση αυτής της κατάστασης, τεχνικές όπως η γιόγκα, ο διαλογισμός, οι βαθιές αναπνοές και η σωματική άσκηση μπορούν να βοηθήσουν στην αποκατάσταση της ισορροπίας στο νευρικό σύστημα, προωθώντας την ηρεμία και την χαλάρωση.