Βρείτε μας στο Google News. Πατήστε εδώ!Καρκίνος του Παχέος Εντέρου: Πολλά άτομα με καρκίνο του παχέος εντέρου σταδίου ΙΙ ή ΙΙΙ λαμβάνουν πρόσθετη ή επικουρική χημειοθεραπεία μετά από χειρουργική επέμβαση. Ωστόσο, κλινικές δοκιμές έχουν δείξει ότι αυτή η θεραπεία δεν βελτιώνει τις πιθανότητες επιβίωσης για κάθε ασθενή. Μια μελέτη που δημοσιεύτηκε στις 25 Ιουλίου στο Cell Reports Medicine προσδιορίζει και επικυρώνει έναν βιοδείκτη 10 γονιδίων που δυνητικά προβλέπει εάν ένας ασθενής με καρκίνο του παχέος εντέρου σταδίου ΙΙ ή ΙΙΙ θα ωφεληθεί από την επικουρική χημειοθεραπεία.
Ένα δευτερεύον εύρημα από τη μελέτη θα μπορούσε επίσης να οδηγήσει σε περαιτέρω έρευνα και εφαρμογή. Οι ερευνητές διαπίστωσαν ότι η γονιδιακή υπογραφή θα μπορούσε ενδεχομένως να προβλέψει επίσης εάν η ανοσοθεραπεία θα βοηθούσε ορισμένους ασθενείς – σημαντικό επειδή δεν υπάρχουν ακόμη σαφείς οδηγίες σχετικά με το ποιοι ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου μπορούν να ωφεληθούν από την ανοσοθεραπεία. Η μελέτη, με επικεφαλής τον Steven Chen, Ph.D., ερευνητή στο Sylvester Comprehensive Cancer Center στο Πανεπιστήμιο του Μαϊάμι Miller School of Medicine, θέτει τα θεμέλια για περαιτέρω έρευνα που θα μπορούσε κάποια μέρα να επιτρέψει στους ασθενείς και τους γιατρούς τους να λάβουν εξατομικευμένες αποφάσεις θεραπείας. «Όταν μιλάτε για ογκολογία ακριβείας, σημαίνει ότι χρησιμοποιείτε τις πληροφορίες ενός μεμονωμένου ασθενούς – εδώ μιλάμε ιδιαίτερα για βιοδείκτες από τον ασθενή – για να καθοδηγήσετε τον γιατρό στη λήψη μιας κλινικής απόφασης σχετικά με το είδος της θεραπείας που είναι καλύτερο για τον ασθενή. ” είπε ο Τσεν. “Στην ιδανική περίπτωση, θέλουμε να εφαρμόσουμε επικουρική χημειοθεραπεία μόνο στους ασθενείς που θα ωφεληθούν από αυτήν.
Για τους ασθενείς που δεν ανταποκρίνονται, πρέπει ακόμη να βρούμε άλλες αποτελεσματικές θεραπείες.” Ως επιστήμονας δεδομένων, ο Chen εφαρμόζει τη μηχανική μάθηση και την τεχνητή νοημοσύνη στην έρευνα για τον καρκίνο, εστιάζοντας κυρίως στον καρκίνο του παχέος εντέρου και του μαστού. Οι επιστήμονες έχουν βρει στο παρελθόν βιοδείκτες που βοηθούν τους γιατρούς να προβλέψουν την καμπύλη επιβίωσης ενός ασθενούς ή να κατανοήσουν πόσο επιθετικός είναι ένας καρκίνος. Αυτά είναι χρήσιμα, είπε ο Τσεν, αλλά δεν βοηθούν στην καθοδήγηση της θεραπείας. Έτσι, αυτός και οι συνεργάτες του στο Πανεπιστήμιο Vanderbilt και στο Κέντρο Καρκίνου Memorial Sloan Kettering ξεκίνησαν να βρουν μια γονιδιακή υπογραφή – ένα συγκεκριμένο σύνολο γονιδίων των οποίων τα συνδυασμένα μοτίβα έκφρασης μπορούν να χρησιμεύσουν ως βιοδείκτης – που θα μπορούσε. Οι όγκοι ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου έχουν πολλά διαφορετικά γονιδιωματικά προφίλ, έτσι η ομάδα συγκέντρωσε προφίλ γονιδιακής έκφρασης από έξι δημοσίως διαθέσιμες πηγές για να δημιουργήσει ένα σύνολο δεδομένων 933 ασθενών, καθιστώντας το ένα από τα μεγαλύτερα σύνολα δεδομένων γονιδιακής έκφρασης για καρκίνο του παχέος εντέρου σταδίου 2 και 3.
Οι επιστήμονες δεδομένων της ομάδας επιμελήθηκαν σχολαστικά και πραγματοποίησαν ποιοτικό έλεγχο για να διασφαλίσουν ότι θα μπορούσαν να εντοπίσουν μια ακριβή γονιδιακή υπογραφή για την πρόβλεψη των απαντήσεων στη χημειοθεραπεία. Ήθελαν, επίσης, η γονιδιακή υπογραφή να είναι πρακτική, με μικρό αριθμό γονιδίων. Χρησιμοποίησαν τη μηχανική μάθηση για να δημιουργήσουν ένα δίκτυο από χιλιάδες δυνητικά σχετικά γονίδια, τα οποία περιόρισαν πρώτα σε ένα δίκτυο 18 γονιδίων και στη συνέχεια σε 10 γονίδια. Μόλις βεβαιώθηκαν ότι το δίκτυο των 10 γονιδίων ήταν βιολογικά σχετικό, κατασκεύασαν ένα μοντέλο που αναλύει την υπογραφή του γονιδίου για να προβλέψει ποιοι ασθενείς θα ωφεληθούν από την επικουρική χημειοθεραπεία. Στη συνέχεια, η ομάδα ήθελε να δοκιμάσει την ακρίβεια της γονιδιακής υπογραφής τους. Η ύπαρξη μιας διεπιστημονικής ομάδας ήταν ζωτικής σημασίας σε αυτό το βήμα, είπε ο Chen. «Η στενή συνεργασία με χειρουργούς, ογκολόγους και βιολόγους διασφαλίζει ότι τα ευρήματά μας είναι ισχυρά, κλινικά σχετικά και μπορούν να μεταφραστούν αποτελεσματικά στην πράξη». Οι επιστήμονες δεδομένων της ομάδας εξέτασαν την προγνωστική δύναμη της γονιδιακής υπογραφής συγκρίνοντάς την με αποτελέσματα από χιλιάδες τυχαία δίκτυα πέντε έως 15 γονιδίων. Ήταν δραματικά καλύτερο στο να προβλέψει εάν ένας ασθενής θα ωφεληθεί από τη χημειοθεραπεία.
Οι χειρουργοί και οι ογκολόγοι συνέλεξαν δείγματα ιστού όγκου από 109 ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου σταδίου 2 και 3, μαζί με πληροφορίες σχετικά με τις απαντήσεις των ασθενών στην επικουρική χημειοθεραπεία. Οι δοκιμές που χρησιμοποίησαν αυτά τα δείγματα επαλήθευσαν περαιτέρω το μοντέλο: Οι ασθενείς που προβλεπόταν ότι θα ωφεληθούν από τη χημειοθεραπεία με βάση τη γονιδιακή υπογραφή «είχαν σημαντικά καλύτερα αποτελέσματα επιβίωσης από εκείνα που προβλεπόταν ότι δεν θα ωφεληθούν», διαπίστωσε η μελέτη. Ο Τσεν ελπίζει ότι ο βιοδείκτης της ομάδας θα χρησιμοποιηθεί για να βοηθήσει τους ασθενείς κάποια μέρα, αλλά απαιτούνται αρκετά ακόμη βήματα για να μπορέσει να χρησιμοποιηθεί κλινικά. «Για να είμαστε πραγματικά κλινικά εφαρμόσιμοι, πρέπει να περάσουμε από προοπτικές κλινικές δοκιμές», είπε. «Σημαίνει ότι στρατολογούμε ασθενείς και εφαρμόζουμε αυτόν τον βιοδείκτη για να δούμε αν είναι πραγματικά αποτελεσματικός». Η μελέτη υποκινήθηκε από τον στόχο του Chen να μεταφράσει την επιστήμη των δεδομένων σε οφέλη στον πραγματικό κόσμο. «Ελπίζω ότι κάθε ερευνητικό εύρημα που ανακαλύπτουμε μπορεί να βελτιώσει τις κλινικές αποφάσεις και τελικά να βοηθήσει τους ασθενείς με καρκίνο», είπε.
